- Šakiškis
- Šalniai
- Sandariškiai
- Šarkinė
- Satkūnai
- Sauginai
- Sebentiškis
- Semeniškiai
- Serbentiškiai
- Šeškinė
- Severiškis
- Sidabriškiai
- Šiekštininkai
- Šilagala
- Šilėnai
- Šiliškis
- Simaniai
- Šimneliškiai
- Skaistbalys
- Skamarakai
- Skiltuvai
- Skratiškiai
- Skrebiškiai
- Skrebiškis
- Skriaudupis
- Skultiškiai
- Šlėgeriškis
- Šlekiškiai
- Šlepščiai
- Slimaniškiai