- Šadubalis
- Šakaldonys
- Šaltiniai
- Šaltupė
- Šarkinė
- Seibutonys
- Šeiriškės
- Semeliškės
- Senoji Būda
- Signalai
- Šilonys
- Šiulgiškės
- Skirmantiškės
- Skynimai
- Sodyba
- Stančikai
- Stelmošiškės
- Streipūnai
- Streipūnai
- Strėvininkai
- Strošiūnai
- Subartėnai
- Sukra
- Šuoliai
- Suslonys
- Šalčininkai
- Sabaliūnai
- Šadžiūnai
- Sakalai
- Sakalinė